Unser Ziel ist es, die DNA-Sequenzierung als Technik bei uns im CCL zu etablieren.
Hierzu wollen wir einen Oxford-Nanopore Sequencer verwenden.
Momentan sind wir dabei, die molekularbiologischen Grundlagen für die Probenvorbereitung zu schaffen und Arbeitsabläufe zu etablieren.
Für eine Übersicht der verwendeten Methoden siehe Protokolle.
Momentan konzentrieren wir uns darauf, DNA von Mikroalgen (Desmidiaceen) zu Sequenzieren um die Arten genau bestimmen zu können. Wenn wir darin erfolgreich sind, sollen mit dieser Methode die Algenpopulationen in verschiedenen hamburger Mooren untersucht werden. Hierzu kooperieren wir mit der DesmidHH Gruppe des naturwissenschaftlichen Vereins zu Hamburg.
Zieralgen (Desmidiaceen) begeistern wegen ihrer Schönheit. Unsere Planktongruppe hat ihren derzeitigen Arbeitsschwerpunkt bei der Erfassung der Biodiversität von Desmidiaceen und hat sich dem Citizen Science Projekt „DesmidHH“ angeschlossen. Ziel des Projektes ist es, zu untersuchen, wie sich Desmidiaceen in den Hamburger Gewässern, insbesondere Mooren, verteilen. Moore haben im Rahmen des Klimawandels eine besondere Bedeutung als natürliche Kohlenstoffsenken. Da Desmidiaceen Bioindikatoren darstellen, können so Rückschlüsse auf den ökologischen Zustand der Moore/Gewässer gezogen und Maßnahmen zur Erhaltung der Moore in ihrer Wirkung beurteilt werden.
- Planktongruppe des NWV Hamburg
In Zukunft möchten wir mit der Methode auch die Mikroorganismenpopulationen in Bodenproben untersuchen.
Des weiteren gibt es die ersten Bemühungen, auch fungale DNA-Sequenzen zu analysieren.
Hierzu wird parallel ein Prozess entwickelt.
Hintergrund der fungalen Sequenzierung ist eine Aufwertung von ökologischen Kartierungsdaten zur hamburger Funga. Es können auch inventarisierte Herbarbelege sequenziert werden, um Datensätze zu bestätigen oder Aufschluss darüber zu geben, um welche Art es sich tatsächlich handelt, um Fehlbestimmungen zu minimieren.
Fragestellungen bei der fungalen Sequenzierung können sein:
Auch molekularbiologische Fragestellungen können potenziell untersucht werden, z.B.:
Ihr erreicht uns über die email Adresse "sequenzieren (ät) curious.bio" oder über den Matrix channel #metagenomic:curious.bio
Anfragen und Fragen zur fungalen Sequenzierung an felix@curious.bio